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别再吃穿山甲了!管轶团队从穿山甲中发现新冠

新冠病毒的溯源钻研得出最新成果。当地光阴2月18日,预印本网站bioRxiv(未经同业评议)颁发论文“中国南方马来穿山甲2019-nCoV

相关冠状病毒

的剖断”,通讯作者为喷鼻港大年夜学公共卫生学院新发熏染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大年夜学胡艳玲教授。

管轶现为喷鼻港大年夜学新发熏染病国家重点实验室主任,以及流感钻研中间主任。2003年“非典”时期,管轶团队率先分离出SARS病毒,并证明了果子狸是SARS的中心宿主,也是人类感染SARS的直接滥觞。基于中心宿主的清晰及管轶等人的上报,广东省随后清除市场上的果子狸,从而有效遏制了SARS疫情的扩散。

在这次这项最新钻研中,管轶等人申报了在中国南部反走私行动中查获的穿山甲((哺乳纲鳞甲目)中发清楚明了2019-nCoV

相关冠状病毒

。他们发明,穿山甲相关的冠状病毒属于2019-nCoV

相关冠状病毒

的两个亚型,此中一个的受体结合域与2019-nCoV异常靠近。

作者们觉得,钻研发明的多种穿山甲冠状病毒谱系及其与2019-nCoV的相似性注解,应该斟酌将穿山甲视作此次新型冠状病毒的

潜在中心宿主

,并应将其从菜市场上清除,以防止人畜共患传播。

而此前的2月7日,华南农业大年夜学、岭南今世农业科学与技巧广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研职员联合中国人夷易近解放军军事科学院及广州动物园科研部也公布了钻研成果:穿山甲为新型冠状病毒潜在中心宿主。

该团队经由过程阐发1000多份宏基因组样品,锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中心宿主;继而经由过程分子生物学检测,揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%;进一步对病毒进行分离剖断,电镜下察看到范例的冠状病毒颗粒布局;着末经由过程对病毒的基因组阐发,发明分离的病毒株与今朝感染人的毒株序列相似度高达99%。

不过,沈永义等人的钻研成果今朝尚未正式颁发。

值得一提的,穿山甲是所有哺乳动物中不法发卖最为严重的,被用作食品滥觞,鳞片还被入药。是以,穿山甲近年来越来越受到关注,中华穿山甲等穿山甲物种现在已被天下自然保护同盟(IUCN)列为濒危物种血色名单上的极危物种。

多批次穿山甲样品检测呈冠状病毒阳性

本次新冠疫情的暴发暂时被觉得与武汉华南海鲜市场有关,该市场出售的野活跃物可能是人畜共患病感染的滥觞。只管蝙蝠很可能是2019-nCoV的宿主,但今朝还不清楚转移病毒的中心宿主。

钻研团队此前在2017年8月至2018年1月时代网络到18只马来穿山甲的冷冻组织(肺、肠、血)样本。这些穿山甲是在广西海关缉私行动中得到。

系统发育阐发,描述了2019-nCoV、本钻研得到的穿山甲冠状病毒序列、其他冠状病毒之间的进化关系。

值得留意的是,这些样本的RNA高通量测序显示,43个样本中的6个(2个肺,2个肠,1个肺肠混杂物,1份血液)存在冠状病毒。钻研团队随后得到6个全长或近全长基因组序列,标记为GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L。这些病毒也具有类似2019-nCoV的基因组布局,有9个猜测开放涉猎框。钻研团队还成功分离了病毒。

基于新的基因组序列,钻研团队设计了qPCR检测引物,以确认原始样本对冠状病毒呈阳性。

接下来,钻研团队对2018年5月至7月之间网络的另一批穿山甲样品进行了进一步qPCR检测。12只穿山甲的19个样本(9个肠组织,10个肺组织)中,3个肺组织样本呈冠状病毒阳性。

除了这些来自广西的穿山甲,这次疫情暴发后,广州海关技巧中间也从新检测了他们在3月的反走私行动中查获的5份存档的穿山甲样品(2份皮肤组织,1份未知组织,1份鳞片),这些样本中同样发清楚明了冠状病毒。

经由过程高通量测序,钻研团队发明鳞片样品中包孕冠状病毒序列,用这些数据组装了一个21505bp的部分基因组序列(标记为GD/P2S),可以代表2019-nCoV基因组的72%。

值得留意的是,2019年在广东进行的另一项关于患病穿山甲的钻研也从肺样本中发清楚明了与2019-nCoV相似的病毒重叠群。经由过程不合的组装措施和人工筛选,得到了约占全长病毒基因组86.3%的部分基因组序列(标记为GD/P1L)。

这些在穿山甲中发明的冠状病毒的基因组,与新型冠状病毒基因组相似率在85.5%-92.4%,并在系统进化树中代表了新冠病毒的两个亚型,此中GD/P1L和GD/P2S与新冠病毒亲昵相关。

穿山甲可能冠状病毒经久宿主,但和2019-nCoV并非最靠近亲缘关系

新型冠状病毒属于β冠状病毒属的Sarbecovirus亚属,此前已有一些钻研留意到,Sarbecovirus亚属的冠状病毒成员均经历了广泛的基因重组。

为了验证上述不雅点,钻研团队进一步进行了重组阐发重组,阐发显示,蝙蝠冠状病毒ZC45和ZCS21可能是重组体,包孕多个SARS-CoV相关谱系(基因组区域2、5、7)和2019-nCoV相关谱系的基因组片段,包括来自这次穿山甲的基因组片段(区域1、3、4、6、8)。

然而,更值得留意的是,钻研团队察看到穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和2019-nCoV之间推想的重组旌旗灯号。分外是,只管2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒RaTG13在病毒基因组的另外部分关系最为亲昵,但2019-nCoV和广东穿山甲的受体结合域(RBD)氨基酸同源性为97.4%,而RaTG与2019-nCoV的受体结合域的氨基酸同源性仅为89.2%

事实上,广东穿山甲冠状病毒和2019-nCoV在RBD的5个关键残基上拥有相同的氨基酸,而RaTG13和2019-nCoV只有一个氨基酸相同。然而,只针对RBD的同义位点系统发育阐发显示,广东穿山甲冠状病毒并非2019-nCoV的最靠近亲缘关系。

图3

是以,钻研团队推想,广东穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间的氨基酸同源性可能是因为选择性介导的趋同进化,而不是重组引起的。当然,根据现稀有据仍旧很难判断。

论文提到,虽然任何趋同进化的驱动身分都是未知的,但就和重组一样,它的可能发生,都将进一步凸起中心动物宿主在人类病毒暴发的感化。

迄今为止,穿山甲是除了蝙蝠之外,独一被认和2019-nCoV相关冠状病毒感染的哺乳动物。

在这项钻研中,钻研团队在穿山甲中发清楚明了2个相关的冠状病毒谱系,它们都与22019-nCoV相关。这注解穿山甲可能是这些病毒的经久宿主。

或从蝙蝠等其他动物宿主中得到2019-nCoV相关病毒

但令人惊疑的是,穿山甲是茕居动物,种群规模相对较小,且处于濒危状态。然而不能扫除的是,穿山甲从蝙蝠或其他动物宿主中自力得到了2019-nCoV相关病毒。

值得留意的是,这两种穿山甲冠状病毒都是从走私而来的马来穿山甲中得到,很可能来自东南亚,而它们在本地皮区所维持的病毒多样性今朝未知。

钻研团队觉得,毫无疑问,穿山甲种群中冠状病毒的传播程度需进一步查询造访,但在广西和广东省的2019-nCoV相关冠状病毒的反复感染注解,穿山甲可能是冠状病毒呈现的潜在紧张宿主。

钻研团队提到,包括那些与2019-nCoV相关病毒在内的冠状病毒,在亚洲的许多野生哺乳动物中显着存在。虽然穿山甲冠状病毒的盛行病学、致病性、种间熏染性和传播性仍有待钻研,但这次钻研供给的数据强烈注解,处置惩罚这些动物必要相称审慎,应严格禁止在菜市场出售。

他们还提到,对中国和东南亚自然情况中穿山甲的进一步监测显然也是需要的,以懂得它们在2019-nCoV呈现中的感化以及未来人畜共患病传播的风险。

论文原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1

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